Glenn Barnesin, Peter Grantin, Michael Gyorin, Christopher Mairin, Brian Thalkenin ja Sean Thompsonin perustama Barking Dog Studios sai alkunsa, kun he olivat työskennelleet Radical Entertainment -kehitysyhtiössä, kunnes yhtiö kohtasi taloudellisia vaikeuksia 1990-luvun lopulla. Yhteistyö Disneyn kanssa oli hiipunut, ja ESPN-lisenssi menetettiin, jolloin yhtiö ajautui hetkellisesti selvitystilaan. Tämä johti siihen, että useat Radical Entertainmentin työntekijät perustivat omia yrityksiä, muun muassa Black Box Gamesin. Kuusikko perusti Barking Dogin toukokuussa 1998. He etsivät "ei-korporatiivista, ei-teennäistä" nimeä aivoriihessä ja päätyivät nimeen, joka oli peräisin Kaliforniassa sijaitsevasta Barking Dog -pubista. Yritys aloitti virallisesti toimintansa 16. heinäkuuta 1998, kun se allekirjoitti ensimmäisen julkaisusopimuksensa.

Alkuvaiheen studio teki yhteistyötä Relic Entertainmentin ja Sierra Studiosin kanssa ohjelmoinnissa vuodelle 1999 julkaistuun Homeworld-peliin, ja pian sen jälkeen he saivat luvan kehittää lisäosan, Homeworld: Cataclysm. Tänä aikana Barking Dog muutti Relicin toimistoihin, ja noin kaksikymmentä työntekijää työskenteli pelin kehittämisen parissa. Cataclysm julkistettiin helmikuussa 2000 ja julkaistiin saman vuoden syyskuussa. Kun päivitetty versio julkaistiin GOG.com-alustalla kesäkuussa 2017, sen nimi muutettiin Homeworld: Emergenceksi, koska Blizzard Entertainment oli rekisteröinyt "Cataclysm"-tavaramerkin World of Warcraft: Cataclysmia varten.

Vuoden 1999 tienoilla Valve kiinnostui Counter-Strike-pelistä, joka oli Barking Dogin työntekijän Minh Len osittain luoma modifikaatio. Valve syventyi projektiin ja palkkasi Barking Dogin modin "Beta 5" -päivityksen kehittämiseen. Studio kehitti noin 90% päivityksestä, joka julkaistiin joulukuussa 1999. Le siirtyi pian tämän jälkeen Valveen jatkamaan Counter-Striken kehitystä, ja valmis peli julkaistiin marraskuussa 2000. Samassa kuussa liikkui huhuja, että Barking Dog kehittäisi taktista ensimmäisen persoonan ammuntapeliä, jonka Crave Entertainment julkisti nimellä Global Operations joulukuussa samana vuonna. Global Operations julkaistiin maaliskuussa 2002, ja sen julkaisijoina toimivat Crave Entertainment ja Electronic Arts. Barking Dog aloitti oman pelimoottorinsa, ARESin, kehittämisen tammikuussa 2001 ja alkoi sen jälkeen valmistaa reaaliaikaisen strategiapelin tuotantoa kyseisellä moottorilla kesäkuussa. Kun moottori esiteltiin huhtikuussa 2002, yhtiö odotti voivansa julkistaa pelin kyseisen vuoden E3-messuilla. Peli, joka julkistettiin nimellä Treasure Planet: Battle at Procyon, kehitettiin samanaikaisesti Disney-elokuvan Treasure Planet kanssa, johon se perustuu. Disneyn peliosasto, Disney Interactive, julkaisi pelin marraskuussa 2002 juuri ennen elokuvaa.

1. elokuuta 2002 Take-Two Interactive ilmoitti ostaneensa Barking Dogin 3 miljoonalla Yhdysvaltain dollarilla ja 242 450 osakkeella rajoitettua kantaosaketta, joiden arvioitu kokonaisarvo oli 9 miljoonaa dollaria. Oston myötä Barking Dogista tuli osa Take-Twon Rockstar Games -labelia nimellä Rockstar Vancouver. Rockstar Canada, Rockstar Gamesin studio Oakvillessä, Ontariossa, nimettiin uudelleen Rockstar Torontoksi, jotta sekaannusta kahden studion välillä vältettäisiin.