Yhteenveto
Vuoropohjainen online-RPG Nintendo GameCubelle. Pelin tapahtumat sijoittuvat Phantasy Star Online -universumiin, ja voit liittyä joko sankarien tai pimeän puolelle käyttäen kortteja, jotka esittelevät aseita tai olentoja Phantasy Star Online -jaksoista I ja II.
Tarina
Phantasy Star Online Episodeissa I ja II avaruusalus Pioneer 2 saapui asumattomalle Ragol-planeetalle toiveenaan perustaa siirtokunta, koska kotiplaneetta Coralilla ekosysteemi oli romahtamassa. Episodissa III Pioneer 2 on yhä Ragolin kiertoradalla, mutta kolonisaatiota ei ole vielä aloitettu. Pioneer 2:n hallituksen sisäiset ristiriidat, jotka ovat syntyneet sen itsenäistyttyä Coralista, sekä planeetan resurssien hyväksikäyttö estävät kolonisaation.
Pioneer 2:n hallitus toivoo myös voivansa hyödyntää "alkua", mystistä ainetta, joka löydettiin planeetalta. He käyttävät sitä uuden "C.A.R.D.-teknologian" voimantuotantoon. Tämä teknologia mahdollistaa esineiden, kuten aseiden, säilömisen kortteina, mikä tekee niiden käytöstä tehokkaampaa. C.A.R.D. on lyhenne sanoista "compressed alternate reality data" eli tiivistetty vaihtoehtoisen todellisuuden data. Peliä voi pelata joko "Heroside"- tai "Darkside"-puolella. "Heroside" on hallituksen nimeämiä virkamiehiä, jotka saavat hallitukselta käskyn tutkia, tutkia ja vangita Arkz, hallituksen vastainen ryhmittymä. "Darkside" puolestaan on Arkz, jonka perusti mies nimeltä Red. Arkz pyrkii estämään ja tuhoamaan hallituksen suunnitelmat planeetan hyväksikäytöstä. He vastustavat myös C.A.R.D.-teknologian käyttöä sen arvaamattomuuden ja alkuaineen puutteellisen ymmärryksen vuoksi. He käyttävät kuitenkin varastettua versiota teknologiasta voidakseen kilpailla Herosiden kanssa. Molemmat osapuolet etsivät myös "Great Shadowin" sijaintia, jonka uskotaan olevan alkuaineen lähde.
Molemmissa ryhmittymissä jokaisella hahmolla on omat tavoitteensa ja toiveensa, ja pelaamalla tiettyjä hahmoja taisteluissa paljastuu erilaisia tarinan osia. Kun molemmat tarinapuolet on pelattu loppuun, selviää, että hallitus yrittää luoda klooniteknologian avulla bio-sotilaita Redin edesmenneiden kaksostyttärien geneettisestä materiaalista. Herosiden viimeinen pomo on hylätty mutatoitunut klooni Polluxista. Darkside-puolella viimeinen pomo on hylätty mutatoitunut klooni toisesta kaksosesta, Castorista. Kun tarinat ja niiden pomotaistelut on suoritettu, on viimeinen taistelu alkuaineen lähdettä, Amplam Umbraa, vastaan. Kun lähde on tuhottu, Pioneer 2 laskeutuu viimein Ragolille, ja planeetan kolonisaatio alkaa.