Yhteenveto
Tämä peli sisältää elementtejä Mega Man X -sarjasta ja Mega Man Zero -sarjasta. Peli esittelee uuden avoimen pelimaailman ja mahdollisuuden valita päähenkilön sukupuoli, mikä on ensimmäinen kerta sarjan historiassa. Pelaajan hahmo, Vent tai Aile, liikkuu kaksiulotteisella kartalla, jossa hän kohtaa vihollisia suorittaakseen tehtävän. Kun Vent ja Aile saavat Biometalin, he pystyvät muuttamaan muotoaan ja saavat käyttöönsä erilaisia kykyjä, kuten latausliikkeet tai aseensa lataamisen kyseisen Biometalin elementillä; esimerkiksi Biometal H lataa aseen sähköllä. Erikoismuodossa ollessaan hahmon erikoiskykyjen käyttö kuluttaa aseenergiaa. Kun Vent ja Aile saavat Biometalin toisen puoliskon, he pystyvät suorittamaan toisen erityiskyvyn.
Tarina
Peli sijoittuu teknologisesti kehittyneeseen maailmaan vuosisatoja Mega Man Zero 4:n tapahtumien jälkeen. Ihmiset ja Reploidit elävät nyt rauhanomaisesti rinnakkain, ja molemmat nähdään ihmisten kaltaisina uusien lakien ansiosta.
Ajan myötä Maan asukkaat onnistuivat elvyttämään joitakin entisiä kansakuntia. Kuitenkin, estäen vanhojen aikojen kaltaista vaurautta, maailmalla alkoi esiintyä tapauksia, joissa jotkut kone-elämän muodot muuttuivat Maverickiksi, tehden joistakin alueista vaarallisia asukkaille, ja pian tämä toiminta esti kansojen välistä vaihtoa.
Kansakunnat jaettiin alueisiin, jotka nimettiin Sisäalueiksi, joissa ihmisten oli turvallista elää, ja Ulkoalueiksi, joissa vaaralliset Maverickit ilmestyivät. Suuria edistysaskeleita tehtiin Slither Inc. -yrityksen ponnistelujen ansiosta, joka hallitsee teknologiaa, joka on löydetty historiallisista raunioista syrjäseuduilta. Rauhallinen elämä säilyy vastaanottamalla Slither Inc:n tarjoamaa teknologiaa kaupunkien keskusalueilla.
Raja-alueilla, joihin maiden kriisinhallinta ei vielä ulotu, Maverickien (yhteisnimitys Reploideille ja Mekaniloideille, jotka uhkaavat rauhaa) hyökkäykset aiheuttavat edelleen vahinkoa. Näiden alueiden ihmiset kehittivät itsepuolustusjärjestön nimeltä Guardianit. He puolustavat raja-alueita ja tutkivat Maverick-ilmiön syytä.
Slither Inc. käyttää historiallisista raunioista löydettyä teknologiaa kaupunkien elinehtona, tarjoten ihmisilleen esimerkiksi energialähteitä. Ei ole välttämättä huono asia, että yritys on enemmän tai vähemmän ottanut kaupunkien elinehdot haltuunsa, ainakaan näiden kaupunkien asukkaiden mielestä. Slither Inc:n presidentti on nimeltään Serpent. Serpentiä pidetään ihailtavana henkilönä, joka rakensi yrityksen omin avuin kaivamalla esiin vanhaa teknologiaa Syrjäseuduilta. Lisäksi hän on järjestänyt yritykseensä Mekaniloidi-armeijan, ja hänen sanotaan toistuvasti pelastaneen maita Maverick-hyökkäyksiltä menneisyydessä.
Toisaalta raja-alueiden Guardianit nähdään itsenäisinä yksityishankkeina. He tekevät "Guardian-tukikohdasta", jättimäisestä lentävästä aluksesta, päämajan ja ottavat ihmisiä vapaaehtoisiksi paitsi puolustamaan raja-alueita myös tutkimaan Maverick-lähdettä. Guardianeiden alkuperäinen johtaja katosi tutkiessaan Syrjäseudun aluetta, ja komennon on ottanut nuori tyttö nimeltä Prairie.