Yhteenveto
Maailman robottinäyttelyn valtavat juhlat keskeytyvät, kun taivaalla vilahtaa lentävä lautanen. Mutta sen sijaan, että se kuljettaisi pieniä vihreitä miehiä, lautanen kätkee sisäänsä yhden hyvin vihaisen tiedemiehen! Mukanaan hänellä on mielenhallintakone, joka lähettää kammottavaa signaalia. Dr. Wily on valmis hypnotisoimaan kaupungin kaikki robotit mielen vailla oleviksi metallisotureiksi!
Taistellen Wilyn mielenhallintakoneen vaikutuksia vastaan, Mega Man ja hänen robottiystävänsä Rush ja Beat joutuvat taistelemaan sulattamalla metalliksi joukon vihollisia, joita johtaa kahdeksan Wilyn mahtavinta robottimestaria! Ja jos Mega Man selviää tästä, Dr. Wily on valmiina laukaisemaan raskaan tykistönsä uusimmalla luomuksellaan, mahtavalla Wily Tankilla!
Tarina
Vuonna 20XX, vain muutama kuukausi Mega Man III:n jälkeen, tiedemiehet ympäri maailmaa ovat kokoontuneet vuosittaiseen World Robot Expo -tapahtumaan esittelemään uusimpia luomuksiaan, rauhanturvaajiksi kehitettyjä robotteja. Tohtori Light osallistuu tapahtumaan yhdessä Rockin, Rushin ja Beatin kanssa. Näyttelyssä esitellään monenlaisia teollisuusrobotteja, mutta yhtäkkiä taivaalle ilmestyy epäilyttävä UFO. Tohtori Wily paljastaa itsensä ja ilmoittaa aikovansa käyttää näyttelyn robotteja maailmanvalloituksensa apuna, ohjaamalla niitä radiotaajuuksilla. Rock ja Rush eivät ole vaikutuksen alaisina, sillä niiden piirit ovat vahvasti oikeudenmukaisuuteen sidottuja, mutta Beat menettää neljä osistaan kaaoksen keskellä. Tohtori Light palaa kiireesti laboratorioonsa muuttaakseen Rockin taistelurobotti Mega Maniksi. Samaan aikaan tohtori Wily levittää ohjaamansa robotit aiheuttamaan tuhoa kaupunkiin. Taisteluun valmiina Mega Manin on kohdattava näyttelyn uudet, huippusuorituskykyiset robotit ja pysäytettävä tohtori Wily, ja mahdollisuuksien mukaan löydettävä myös Beatilta pudonneet osat, jotta tämä voi auttaa häntä.