Yhteenveto
Tilanne on katastrofaalinen: Tohtori Lightin laboratorioon on hyökännyt Tohtori Wily, joka on varastanut tärkeitä osia roboteille. Ja kuin se ei olisi jo tarpeeksi paha, hän on ottanut Rollin panttivangiksi! Mega Man ja Proto Man lähtevät pysäyttämään Wilyn ja törmäävät Duoon, suureen avaruusrobottiin, joka on valmis auttamaan. Ja Bass, joka on edelleen vihainen siitä, että Wily on herättänyt lisää robottimestareita henkiin, lyöttäytyy jälleen kerran hyvien puolelle tuhotakseen viholliset…