Yhteenveto
Tämä toimintaseikkailupeli esitetään kolmannen persoonan pseudo-3D-tyylillä, mikä tarkoittaa, että kaikki pelin mallit on renderöity täydessä 3D-muodossa, mutta pelaajan matkustama maailma on esirenderöity. Pelattaessa Nintendo DS:tä pidetään vaakatasossa, kuten peleissä Hotel Dusk: Room 215 ja Brain Age: Train Your Brain in Minutes a Day!. Vasen näyttö näyttää aluekartan, kun taas oikea näyttö näyttää varsinaisen pelitilanteen, mikäli peli on asetettu oikeakätisille, ja päinvastoin, jos peli on asetettu vasenkätisille.
Tapahtumat sijoittuvat kuusi kuukautta Ninja Gaidenin jälkeen, jolloin Ryu Hayabusa on jälleenrakentanut Hayabusa-kylän. Kun kylän asukas ja kunoichi, Momiji, kaapataan Mustan Hämähäkin Ninja-klaanin toimesta, Ryu joutuu etsimään hänet ja samalla selvittämään salaperäisten Pimeiden Lohikäärkivien salaisuudet ja niiden yhteyden Lohikäärmesukuun.