Yhteenveto
On uusi vuosi Duel Academyssa ja opiskelijat ovat innoissaan koulun alkamisesta. Sinut sijoitetaan Slifer Red -asuntolaan, ja pian lukuvuoden alettua alkaa tapahtua outoja asioita. Näiden kummallisten tapahtumien myötä alat kuulla henkiduellistin äänen. Tämä henki on hyväntahtoinen ja auttaa sinua kaksintaisteluissa sekä ratkaisemaan Duel Academyyn liittyviä mysteereitä. Haasta vastustajat kaksintaisteluihin ympäri maailmaa Nintendo Wi-Fi -yhteyden kautta. Pelissä on mukana yli 1 500 korttia. Voit luoda ja muokata hahmosi ulkonäköä. Jokainen peli sisältää kolme ainutlaatuista keräilykorttia.
Tarina
Pelaaja on laivalla matkalla Duel Academyyn ystäviensä Jaden Yukin ja Syrus Truesdalen kanssa. Pelaaja sijoitetaan Slifer Red -asuntolaan, ja pian tämän jälkeen alkaa tapahtua kummallisia asioita. Heti kun nämä oudot tapahtumat alkavat, alat kuulla kaksintaisteluhengen äänen. Tämä henki on hyväntahtoinen ja auttaa sinua kaksintaisteluissa ja selvittämään Duel Academyyn liittyviä mysteerejä.
Tarina seuraa löyhästi animeen tapahtumia, mutta pelaaja ottaa Jadenin paikan kaksintaisteluissa. Esimerkiksi Dimitri varastaa Yugin pakan, ja pelaaja saa sen takaisin. Peli kattaa pääasiassa animen tapahtumat alusta Dark Zane -kaareen asti. Koska peli perustuu animeen, siinä esiintyy sekä merkittäviä että pienempiä hahmoja. Mukana on myös hahmoja, jotka ovat yksinomaan Spirit Callerissa ja he esiintyvät pienissä rooleissa. Myöhemmin kohtaat kaikki seitsemän Shadow Rideria ja muut ensimmäisen kauden tapahtumat, ja sen jälkeen osallistut turnaukseen.