Yhteenveto
Vuosituhannen vaihteessa ryhmä tiedemiehiä suoritti geneettisiä kokeita, joiden seurauksena biologinen räjähdys saastutti elämän geneettisen rakenteen maapallolla. Kaksi ominaisuutta nousi esiin raunioista, nimeltään Silhouette ja Mirage; kuten Yin ja Yang, ne eivät voi olla olemassa ilman toisiaan, mutta ovat luonteeltaan ja ideologialtaan vastakkaisia. Vain Lähettiläs, joka kantaa molempia ominaisuuksia tasapainossa, pystyy pääsemään Edo-laitokseen ja peruuttamaan geneettisen katastrofin, tuhoten sekä Silhouetten että Miragen. Tämä lähettiläs on nuori tyttö nimeltä Shyna Nera Shyna.
Silhouette Mirage on sivuttain vierivä toimintapeli. Pelin perusmekaniikka muistuttaa jonkin verran Gunstar Heroes -peliä. Pelin erottuva piirre on kahden ominaisuuden konsepti. Riippuen vihollisen ominaisuuksista ja Shynan käyttämästä hyökkäystyypistä, voi vahinko kasvaa, ja henkeä (joka vastaa taikavoimaa) voidaan imeä vihollisilta. Shyna voi syöksyä, hypätä, kyykistyä, liukua ja tarttua vihollisiin, suorittaen yhdistelmähyökkäyksiä. On myös mahdollista oppia liikkeitä, kerätä rahaa ja ostaa erityisiä olentoja nimeltä "parasiitit", jotka opettavat Shynalle erilaisia hyökkäystyyppejä.
Tarina
Silhouette Mirage sijoittuu katastrofaalisen tapahtuman jälkeen, joka aiheuttaa valtavan räjähdyksen ja jakaa kaikki ihmiset maailmassa kahteen olentoon: Silhouetteen ja Mirageen. Tällaisen tapahtuman varalta ihmiset loivat "Edo-järjestelmän" palauttamaan rauhan maailmaan, jos viesti vastaanotettaisiin. Tuo viestinviejä on Shyna Nera Shyna, joka tunnetaan nimellä "Tuhon Viestinviejä". Valitettavasti Shynan muisti on suurimmaksi osaksi pyyhkiytynyt, eikä hän muista, missä Edo on, joten hänen on löydettävä tiensä sinne. Kuitenkin matkansa alussa hän saa tietää, että Silhouette ja Mirage ovat sodassa keskenään, ja mikä pahentaa tilannetta, on se, että molemmat ovat yhtä mieltä yhdestä asiasta: Shyna on eliminoitava.