Yhteenveto
Pelin kulku muistuttaa alkuperäistä Phantasy Star -peliä, joka oli sarjan ensimmäinen. Sen taistelujärjestelmä on vuoropohjainen, mikä mahdollistaa pelaajan valita komennot jopa neljän hahmon ryhmälleen. Jokaisella kahdeksasta hahmosta on omat suosikkiaseensa ja -haarniskansa sekä tekniikkansa, jotka sopivat hahmon tehtävään. Pelaajan on voitettava viholliset sekä maailmankartalla että luolastoissa edetäkseen pelissä.
Peli luopui ensimmäisen pelin käyttämästä ensimmäisen persoonan näkymästä luolastoissa ja taisteluissa. Phantasy Star II käyttää sen sijaan ylhäältä päin katsottua perspektiiviä tutkimisessa ja kolmannen persoonan näkymää taisteluissa.
Tarina
Jossain syvällä Andromedan galaksissa sijaitsee Algolin tähtijärjestelmä. Emo tähti, Algol (tähän mennessä tunnettu nimellä "Algo"), on kolmen planeetan ympäröimä. Ensimmäinen on Palm ("Palma"), hallituksen koti. Täällä asuvat kuvernöörit, rahastonhoitajat ja suuret ajattelijat komeissa norsunluutorneissa, kaukana arkielämän hälinästä. Seuraavaksi tulee Mota ("Motavia"), loistava jalokivi. Mota oli kerran kuiva autiomaaplaneetta, joka kuhisi muurahaisleijonia, mutta se on muutettu sinivihreäksi trooppiseksi paratiisiksi. Kupoliviljelmät kasvattavat satoa, ja vesi ohjataan patoihin. Elämä Motalla on makeaa, rauhallista ja helppoa. Ihmisillä on kaikkea mitä he haluavat, eikä heidän tarvitse tehdä töitä. Kauimpana on Dezo ("Dezoris"), jäinen planeetta. Tästä salaperäisestä ja pimeästä planeetasta tiedetään vain vähän.
Tuhat vuotta on kulunut siitä, kun Alis ja hänen ystävänsä vapauttivat Algon pahasta Lassicista. Algo on kukoistanut siitä lähtien jättimäisen tietokoneen, nimeltä Äiti Aivot, huolehtiessa siitä. Äiti Aivot säätelee ilmastointitornia, biojärjestelmälaboratoriota ja kaikkea muuta, mikä tarjoaa Mota:n ihmisille kaiken tarvittavan.
Peli alkaa, kun hahmo Rolf muistelee outoa toistuvaa painajaista, jota hän on nähnyt. Unessa nuori tyttö, jota Rolf ei tunnista (mutta joka muistuttaa Alista), taistelee demonia vastaan. Juuri ennen kuin demoni surmaa tytön, Rolf herää. Kotona Paseossa, Mota:n pääkaupungissa, Rolf menee keskustorniin tapaamaan komentajaa, Mota:n hallituksen johtajaa, saadakseen uuden tehtävänsä.
Ensimmäinen uhka on vaarallisten biomonstereiden (biologisesti muokattujen eläinten) lisääntyminen. Rolf lähtee matkaan kumppaninsa Nein, kissamaisia piirteitä omaavan humanoidin, kanssa tutkimaan asiaa, mukanaan kuusi muuta, joilla on sama mutta eri tarkoitus. Matkan varrella ryhmä löytää ihmisen ja biomonsterin risteytyksen nimeltä Neifirst, joka paljastaa, että Nein alkuperä on sama kuin hänen omansa. Osa biomonsterina, hän on yhteiskunnan hylkiö, mikä saa hänet vihaamaan ihmiskuntaa ja sabotoinnin vuoksi tuhoamaan sekä Mota:n ilmastonhallintajärjestelmän että biojärjestelmälaboratorion. Nei kohtaa Neifirstin ja taistelee häntä vastaan kaksintaistelussa, mutta häviää ja kuolee. Rolf ja jäljelle jääneet ryhmän jäsenet voittavat Neifirstin, päättäen Mota:n biomonsteriuhan.
Tämä kuitenkin käynnistää toisen tapahtuman: räjähdyksen vaikutus aiheuttaa Mota:n keskusjärven, asuinvesivaraston, tulvimisen. Estääkseen massiivisen tulvan Rolf ja hänen ystävänsä päättävät avata ympäröivät neljä patoa. Viimeisen avaamisen jälkeen heidät vangitaan Äiti Aivojen turvarobottien toimesta ja tuomitaan kuolemaan Gaira-satelliitilla. Satelliitti kuitenkin vikaantuu ja törmää Palmiin, tuhoten molemmat. Rolf ja kumppanit pelastaa täpärästi avaruuspiraatti nimeltä Tyler.
Ryhmä nousee Mota:n viimeiseen koneeseen kohti Dezoa. Planeetan kaukaisessa nurkassa sijaitsee Esper-kartano. Sinne saavuttuaan Rolf herättää legendaarisen Lutzin pitkästä unesta. Lutz paljastaa Rolfin menneisyyden salaisuudet sekä Äiti Aivojen pimeän salaisuuden, joka liittyy Algon kohtaamaan kohtaloon ja tuhoon. Järjestelmän pelastamiseksi sankarit pyrkivät saamaan haltuunsa voimakkaan Nei-asearsenaalin, joka löytyy neljästä piilotetusta luolasta ja on kykenevä taistelemaan vihollisia vastaan Noah-avaruusaluksella, jossa Äiti Aivot sijaitsee.
Lopulta paljastuu, että Pimeä Voima on ollut kaikkien Rolfin kohtaamien uhkien takana, mukaan lukien itse Äiti Aivot. Rolf kohtaa kaksi pahaa tahoa ja voittaa ne. Viimeisen taistelun jälkeen Lutz ilmoittaa hänelle, että aluksessa on yhä ihmisiä: jäljelle jääneet Maan eloonjääneet. He paljastavat luoneensa Äiti Aivot tyydyttämään ahneita elämäntapojaan Algon resurssien kustannuksella, ja taistelu sankareiden ja maanmiesten välillä alkaa. Peli päättyy avoimeen loppuun, ja taistelun lopputulos jää paljastamatta.