Yhteenveto
Olet Chaz Ashely, keltanokka Metsästäjä suoraan koulutuksesta, ja sinua tukee Alys Brangwin – viekas veteraani, jonka hyvät ulkonäkö ja taito miekankäytössä ovat tuoneet hänelle mahtavan maineen. Nämä kaksi Metsästäjää, yhdessä muiden tukihahmojen kanssa, lähtevät Motavian ulkopuolelle pelastaakseen tietämättään koko aurinkokuntansa.
Tarina
Phantasy Star IV sijoittuu 1 000 vuotta Phantasy Star II:n tapahtumien jälkeen. Suuren romahduksen jälkeen suuri osa kerran kukoistavasta Motavian planeetasta on muuttunut autiomaaksi, ja elämä on muuttunut yhä vaikeammaksi planeetan asukkaille. Tilannetta pahentaa se, että "biomörköjen" määrä on lisääntynyt huomattavasti. Biomöröt ovat yleisnimitys Motavian omituisille ja väkivaltaisille kasvien ja eläinten poikkeamille.
Näiden olentojen hallitseminen on "metsästäjien" tehtävä. Tutkiessaan tällaista purkausta nuori metsästäjä Chaz Ashley saa selville biomörköongelman ja planeetan ekologisen kriisin välisen yhteyden. Planeetta on palaamassa alkuperäiseen autiomaatilaansa, kun yli tuhat vuotta sitten asennetut ilmasto- ja biosfääriä ohjaavat laitteet alkavat pettää. Vikaantumisten syyt selviävät juonen edetessä ja liittyvät suoraan Phantasy Star II:n tapahtumiin.
Chaz ja hänen liittolaisensa yhdistävät maailman ongelmat kulttijohtajaan nimeltä Zio, "Musta Magi", jonka tavoitteena näyttää olevan täydellinen tuhoaminen, ei vain Motavian, vaan koko Algolin aurinkokunnan. Sankarit pysäyttävät Zion palauttaakseen Motaviaa ylläpitävät tietokonejärjestelmät. Pian käy kuitenkin ilmi, että Zio on vain etujoukko paljon suuremmalle viholliselle, joka on pitkään ollut haudattuna menneisyyteen. Algolin tähdistön salaisuudet paljastuvat, kun Chaz ja kumppanit löytävät sekä uhkan luonteen maailmoilleen että muinaiset turvatoimet.