Yhteenveto
Vuosi on 2075. Sen sijaan, että ihmiskunta eläisi valoisassa ja rauhallisessa tulevaisuudessa, se on saastuneen, ränsistyneen tuhon tilassa, joka muistuttaa toisen maailmansodan jälkeistä Eurooppaa. Korruptoitunut suuryritys, Grathius Inc., hallitsee maailmaa voimakeinoin, käyttäen rauhoitusryhmiä tappamaan kaikki vastarintaa osoittavat.
Pelin päähenkilö on Flynn Haskell, pienen terroristien/vastarintaliikkeen johtaja, joka on päättänyt vapauttaa maailman Grathiuksen paholaismaisista suunnitelmista. Myöhemmin pelaaja tapaa naistieteilijän, Even, jota Flynn pitää parhaana mahdollisena apurina. Kerran tutkiessaan Flynn joutuu vangiksi, mutta onnistuu pakenemaan toisen vastarinnan jäsenen, Duffyn, kanssa, joka auttaa häntä seuraavassa määränpäässä, Urbiassa, koska hän tuntee heidän vastarintajohtajansa Taran.
Pelin pääjuoni keskittyy Grathiuksen kehittämään uuteen teknologiaan, nanokoneisiin perustuvaan kloonaukseen, joka mahdollistaa kaatuneiden joukkojen elvyttämisen ja antaa yhtiölle pysäyttämättömän kuolemattoman armeijan. Pelin edetessä pelaaja matkustaa San Franciscosta Taiwaniin ja Japaniin, rekrytoi uusia hahmoja vastarintaan ja kaappaa Grathiuksen kloonauslaitteita omaan käyttöönsä.