Yhteenveto
Avaruuspilotti Vanessa Gaiden katosi paluumatkallaan sen jälkeen, kun hän oli voittanut Pahan Imperiumin pelissä Last Hope, eikä hänestä kuultu enää mitään. Vanessan aviomies, Gordian Gaiden, lähtee etsimään häntä. Samaan aikaan galaksissa on ilmestynyt uusi uhka: planeettahallitsija nimeltä "The Master", joka pystyy luomaan ja hallitsemaan teräksestä tehtyjä pahoja olentoja ja käyttää voimiaan terrorisoidakseen galaksia. Etsintänsä aikana Gordian kohtaa The Masterin pahan läsnäolon ja lähtee Gunlord-puvussaan kohti planeettaa Kairos II.