Yhteenveto
Duke Nukem suuntaa Möhkäle Potkunsa kanssa isoon omenaan. Morphix-niminen mielipuolinen mekaanikko on käyttänyt GLOPPia (Gluoni Nestemäinen Omega-Vaiheinen Plasma) muuttaakseen New Yorkin eläimet verenhimoisiksi mutanteiksi. Duke Nukem: Manhattan Project -pelissä Duken on käytettävä WINiä (Aseet, Solvaukset ja Nimittely) puhdistaakseen kaupunki limapohjaisista pahiksista ja palauttaakseen rauhan ja seesteisyyden kaupunkiin, joka ei koskaan nuku.