Yhteenveto
Viemällä pelaajat läpi Naruto Shippuden -tarinakaaren, rohkeiden ninjasotureiden on strategisesti rekrytoitava oikeat tukihahmot varmistaakseen voiton kaikkia vastustajia vastaan. Kun voittava yhdistelmä on koossa, pelaajat voivat helposti vapauttaa suurempia ja räjähtävämpiä Team Special Techniques -erikoistekniikoita vihollisten tuhoamiseksi tieltään.
Tarina
Pelin seikkailutila kattaa alkuperäisen mangan luvut 245–450. Luku 245 aloittaa uuden tarinakaaren ja merkitsee niin kutsutun "Osa II" myyttiarjen alkua, joka televisiossa tunnetaan nimellä Naruto: Shippuden. Tarina keskittyy Naruto Uzumakiin ja se kerrotaan kahdeksan luvun kautta, mukaan lukien prologi. Kun kaikki luvut on suoritettu, avautuu lisäosa "fragmentti", joka kuvaa Takan epäonnistunutta yritystä napata Killer Bee. Tämä pohjautuu useisiin erillisiin mangan lukuihin 404–417.