Yhteenveto
Nykypäivän pelot räjähtävät esiin pienen amerikkalaiskaupungin kaduilla, jotka kuhisevat avaruusolentojen elämää. Hallitus on epätoivoinen, yrittäen epätoivoisesti pitää salaisuuksia, jotka ovat niin kauheita, ettei niitä voi enää piilottaa. Sinä olet Aeran Pierce, erikoisjoukkojen salamurhaaja, joka heitetään keskelle yhtä Amerikan historian räjähdysherkimmistä hetkistä. Kaikki riippuu teoistasi pelissä BlackSite: Area 51.
Tarina
Peli alkaa, kun kapteeni Aeran Pierce ja hänen Delta Force Echo -ryhmänsä lähetetään tutkimaan oletettua asevarastoa Irakissa. Heidän mukanaan on eliittitiedetiimin johtaja, tohtori Noa Weis. Bunkkeri on täynnä muuntuneita ihmisiä ja eläimiä (joita kutsutaan yhdessä Xenoiksi), jotka ovat syntyneet bunkkerista löydetyn avaruuskristallin vaikutuksesta. Tämä kristalli lamauttaa Piercen ja pakottaa ryhmän vetäytymään. Kolme vuotta myöhemmin voimakkaasti aseistettu miliisi on ottanut haltuunsa Area 51:n ja sen ympäristön, mukanaan samankaltainen avaruusolentojen olentojen purkaus kuin Irakissa kohdattu. Echo-ryhmä ja tohtori Weis on valittu valtaamaan tukikohta takaisin.