Yhteenveto
Tehtäväsi X-COM-komentajana on taistella avaruusolentojen hyökkäyksiä vastaan ja paljastaa heidän tappavat aikeensa. Mutta ole varovainen! Avaruusolentojen soluttautuminen kaupunkiin ja sen politiikkaan voi johtaa siihen, että joudut tulilinjalle rikollisjengien, uskonnollisten lahkojen ja jopa poliisin toimesta! Avaruusolentojen laivueet täyttävät taivaan, olennot terrorisoivat kaupunkia ja kaaos vallitsee… Tervetuloa sotaan, tervetuloa Apokalypsiin.
Tarina
Puoli vuosisataa toisen X-COM-kampanjan päättymisen jälkeen T'lethin viimeinen taistelu on vakavasti vahingoittanut Maan biosfääriä. Tämän seurauksena ehdotettiin useita itsenäisiä megalopoliksen kaltaisia kaupunkeja tarjoamaan asuinpaikka ihmiskunnalle. Peli seuraa Mega-Primusta, näistä kaupungeista ensimmäistä, joka on rakennettu Toronton, Kanadan raunioiden päälle. Samaan aikaan Marsin ulkomaankoloniaa hyödyntää Elerium-kaivosyhtiö Solmine, ja siellä on MarSecin (MARs SECurity) alainen sorto.
Pelin alienuhka tulee esiin uuden orgaanisen, ulottuvuuksien välisen muukalaisrodun muodossa, joilla ei aluksi vaikuta olevan yhteyttä aiempien pelien muukalaisiin. Myöhemmissä tehtävissä, jotka sijoittuvat muukalaisten kotiulottuvuuteen, paljastuu kuitenkin, että he ovat orjuuttaneet Sectoidi-selviytyjiä. Nämä uudet muukalaiset hyökkäävät kaupunkiin tetraedrin muotoisten teleporttiporttien kautta. Pelaajan on selvitettävä, kuinka lähettää omat lentokoneensa ja X-COM-agenttinsa näiden porttien läpi ilman tuhoutumista ja viedä sota muukalaisille. Apocalypse-pelissä on 14 muukalaisrotua, mukaan lukien Antropodit, Aivosyöjät, Hypermadot, Megaspawnit ja Mikronoidit. Jokaisella rodulla on erilaisia vahvuuksia ja heikkouksia, ja jotkut rodut ovat riippuvaisia toisista. "Muukalaiselinkaari" on keskeisessä roolissa pelissä.
Pelaaja tutustuu tähän "muukalaiselinkaareen" tutkimuksen kautta ja erityisesti alempitasoisten muukalaishyökkäysten aikana näytteiden keräystaisteluissa. Erityisesti aseen kaltaisen muukalaisen, Aivosyöjän, hyökkäykset ovat merkittäviä. Aivosyöjä hyökkää yksilöiden kimppuun laskeuduttuaan podin laukaisimesta, jota muukalaissotilaat käyttävät. Aivosyöjä kuoriutuu ja hyökkää lähimpään yksilöön hyppäämällä tämän päähän ja vaikuttaa injektoivan jotain heihin suun kautta, kuollen välittömästi yrityksen jälkeen.
Elinkaari saa myöhemmin mystisen käänteen, kun ei löydy yhteyttä alempien ja korkeampien muukalaismuotojen välillä. Lopulta havaitaan, että hyökkäyksen johtajat ovat Mikronoidit, älykkäiden yksisoluisten organismien rotu, jotka elävät muiden muukalaisten verenkierrossa. Hyökkäyksen lopullinen tavoite on injektoida Mikronoidit tärkeiden henkilöiden verenkiertoon, mikä mahdollistaa heidän hallita Mega-Primusta isäntiensä psionisen hallinnan kautta. Pelaajan tehtävänä on lopulta hyökätä muukalaisten kotimaailmaan ja tuhota heidän porttinsa puoli, mikä on ainoa tapa pysäyttää Mikronoidien tartunta.