Square oli yhtiön pääasiallinen kehitysosasto vuosina 1996–2003. Se vastasi Final Fantasystä ja Kingdom Heartsista, ja sitä johtivat erityisesti Hironobu Sakaguchi, Shinji Hashimoto ja Yoshinori Kitase.

Kun yhtiö yhdistyi Enix Corporationin kanssa, osaston nimeksi muutettiin yksinkertaisesti "Square Enix Product Development Division 1".