Yhteenveto
Ecco, nuori delfiini, eli seikkailuntäyteistä elämää. Meri tuntui loputtomalta, ja sen kuohuvissa aalloissa oli ilo kilpailla! Hurjassa vauhdissa Ecco saattoi syöksyä aaltojen läpi ja hypätä ilmaan – melkein kuin lentäen! Mutta eräänä päivänä kaikki muuttui. Outo ilmavirran ja veden muodostama pyörre raastoi elämän Eccolta ja jätti hänet yksin. Nyt hänen on taisteltava pysyäkseen hengissä ja kuljettava valtameren halki etsiessään vihjeitä, jotka auttavat häntä pelastamaan perheensä ja tuomaan heidät takaisin lahteen.
Tarina
Peli alkaa, kun Ecco, pullonokkadelfiini, ui parvensa kanssa kotilahdellaan. Eräs parven jäsen haastaa Eccoa hyppäämään ilmaan niin korkealle kuin mahdollista. Kun hän on ilmassa, muodostuu valtava vesipyörre, joka imee mukaansa kaiken merielämän lahdelta paitsi Eccoa, jättäen hänet yksin. Poistuessaan lahdelta Ecco ui ympäriinsä ja tapaa muita merieläimiä, kuten muita delfiinejä, jotka kertovat tunteneensa myrskyn ja koko valtameren olevan kaaoksessa. Ecco kohtaa miekkavalaan, joka neuvoo häntä matkustamaan Arktikselle tapaamaan "Suuri Sininen" -nimistä vanhaa sinivalasta, jota merielämä kunnioittaa sen iän ja viisauden vuoksi ja joka saattaa pystyä auttamaan häntä matkallaan. Saavuttuaan Arktikselle pitkän matkan jälkeen Ecco löytää Suuren Sinisen, joka kertoo delfiinille, että myrskyt toistuvat 500 vuoden välein. Vaikka Suuri Sininen ei tiedä, mikä myrskyt aiheuttaa, hän ehdottaa, että Ecco etsii Asteriten, maapallon vanhimman elämänmuodon. Ecco jättää Arktiksen ja matkustaa syvään luolaan, jossa hän löytää Asteriten. Asterite tervehtii Eccoa ja kertoo, että vaikka sillä on voima auttaa häntä, se ei voi tehdä sitä, koska sen kehosta on kadonnut orbeja. Asterite kehottaa häntä menemään Atlantiksen kadonneisiin raunioihin ja käyttämään atlantealaisten jälkeensä jättämää aikakonetta.
Ecco matkustaa Atlantiksen uponneeseen kaupunkiin, jossa hän löytää muinaisen kirjaston täynnä glyyfejä, valtavia kristalleja, joihin on tallennettu tietoa. Kirjastosta Ecco oppii myrskyjen alkuperän: muukalaisrotu nimeltä Vortex menetti kyvyn tuottaa ruokaa planeetallaan, joten aina kun planeetat asettuvat linjaan 500 vuoden välein, he käyttävät teknologiaansa korjatakseen Maan vesiä. Atlantilaiset kävivät pitkän sodan Vortexia vastaan, joka päättyi, kun avaruudesta iskeytynyt säde upotti Atlantiksen meren syvyyksiin. Tämän opittuaan hän aktivoi aikakoneen ja matkustaa 55 miljoonaa vuotta ajassa taaksepäin. Menneisyydessä Ecco oppii muinaisen laulun kommunikoidakseen pterosauruksen kanssa. Ecco löytää menneisyyden Asteriten, mutta tämä hyökkää heti hänen kimppuunsa. Pakotettuna taisteluun hän onnistuu irrottamaan siitä yhden pallon. Tämä avaa aikaportaalin ja hän palaa nykyhetkeen. Saatuaan pallon Asterite antaa hänelle voiman muuttaa kaikuluotaimensa tappavaksi aseeksi Vortexia vastaan, sekä kyvyn hengittää veden alla ja hitaasti palauttaa menetettyä terveyttä. Asterite ohjeistaa häntä käyttämään aikakonetta matkustaakseen takaisin sadonkorjuun hetkeen. Tällä kertaa hän onnistuu pääsemään vesipyörteeseen parvensa kanssa. Ecco sinkoutuu avaruuden läpi valtavaan putkimaisen koneeseen. Rakennelman läpi kuljettuaan Ecco saapuu Vortex-planeetalle ja kohtaa muukalaiset taistelussa. Hän etenee Vortex-kuningattareen ja taistelee häntä vastaan. Kun kuningatar on kukistettu, tämä sylkee ulos Eccoa syödyn parven, ja he pakenevat nopeasti takaisin Maahan.