Yhteenveto
Yugi ja hänen ystävänsä ovat jumissa virtuaalitodellisuusmaailmassa, joka on mennyt sekaisin. Yugina tai Kaibana sinun täytyy muodostaa kolmen hirviön joukkue vallataksesi kaupunkeja kahdessa eri skenaariossa ja osallistuaksesi strategisiin tiimitaisteluihin. Anna käskyjä tiimillesi valloittaaksesi jokainen tehtävä. Taistelun aikana tiimisi voi suorittaa tuhoisia ryhmähyökkäyksiä ja yhdistelmiä. Pelissä esiintyy yli 175 hirviötä Yu-Gi-Oh! -animaatiosarjasta, ja kaikki taistelevat loppuun asti jokaisen kartan hallinnasta.
Tarina
Yugin tarina kertoo Yugin, Joeyn, Tristan Taylorin ja Téa Gardnerin kutsusta osallistua SIC-yhtiön kehittämän "Kingdom"-virtuaalipelin testaukseen. Kun he astuvat peliin, he huomaavat pian jääneensä sinne loukkuun ja heidän on kutsuttava pelin hahmojen ja hirviöiden apua voittaakseen pelin pahiksen, keisari Heishinin, ja estääkseen pelin suunnittelijan Scott Irvinen aikeet hallita kolmea Egyptin Jumalkorttia. Yhdessä vaiheessa Yugin tarinassa jotkut ystävistäsi joutuvat aivopestyiksi ja sinun täytyy taistella heitä vastaan.
Kaiban tarina keskittyy Seto Kaibaan ja hänen veljeensä Mokuba Kaibaan, jotka ovat myös jumissa pelissä. Aluksi he työskentelevät keisari Heishinille, mutta Kaiba kääntyy pian keisarikuntaa vastaan. Molempien tarinoiden huipentuma tapahtuu, kun Mokuba kidnapataan ja Scott pakottaa Kaiban taistelemaan Yugia vastaan. Kummankin tarinan lopussa on osio, joka sijoittuu salaisessa huoneessa, joka johtaa pelin fantasiaympäristöstä tietokoneen sisäisiin toimintoihin, jotka pyörittävät peliä. Jommankumman ryhmän on voitettava Scott Irvine sekä vihollinen DarkNite, joka hallitsee yhtä Jumalkorteista (Yugin tarinassa Obelisk the Tormentor, Kaiban tarinassa Slifer the Sky Dragon). Kun yhden tarinan läpäisee, toisen tarinan vaikeustaso nousee, ja hirviöt ovat korkeammalla tasolla; tämä johtuu luultavasti siitä, että hirviöiden tilastot voidaan siirtää tarinasta toiseen. Tässä vaikeammassa tilassa on myös lisäpahis, Nitemare, jolla on Jumalkortti tasolla 99.
Joeyn tarina on esiosa Yugin tarinalle ja siinä esiintyy joitakin sivuhahmoja muista tarinoista. Sen pääpahis on Marik Ishtar, joka käyttää The Winged Dragon of Ra -korttia.