Yhteenveto
Syphon Filter 2 on kolmannen persoonan ammunta- ja hiiviskelyvideopeli, jonka on kehittänyt Eidetic ja julkaissut 989 Studios yksinomaan PlayStationille. Vain tunteja ensimmäisen pelin tapahtumien jälkeen Gabriel Logan ja Lian Xing ovat viraston vihollisia, kun he ovat paljastaneet sen yhteyden Syphon Filteriin ja heidät on leimattu terroristeiksi suuren yleisön silmissä.
Tarina
Muutamia tunteja ensimmäisen pelin tapahtumien jälkeen Gabriel Logan ja Lian Xing ovat valtion vihollisia Syphon Filter -yhteyden paljastamisen jälkeen, ja heidät leimataan terroristeiksi yleisön silmissä. Viraston agentti Dillon Morgan vangitsee Lianin PharComin varastoilla, pakottaen Gaben ja CBDC:n sotilaat tapaamaan entisen viraston agentin Teresa Lipanin Arizonassa. Samaan aikaan virasto lähettää F-22 Raptor -hävittäjiä keskeyttämään heidän kuljetuksensa Colorado Rockiesin yllä. Gabe ja CBDC:n luutnantti Jason Chance lähtevät vuorelta etsimään lentokonettaan ja PharComin tietolevyjen laatikkoa. Viraston agentti Steven Archer yrittää estää heitä kaikilla keinoilla.
Ryhmä salaliittolaisia, mukaan lukien Mara Aramov ja viraston johtaja Lyle Stevens, tekevät sopimuksen toimittaa virus kiinalaiselle kenraalille nimeltä Shi-Hao. Samaan aikaan Lian toipuu Yhdysvaltain ilmavoimien tukikohdassa, jossa Morgan, Derek Falkan ja Thomas Holman työskentelevät PharComin tohtori Elsa Weissingerin kanssa ottaakseen infektoitua plasmaa koehenkilöiltä. Lian saa tietää, että toinen koehenkilö oli PharComin toimitusjohtaja Jonathan Phagan, joka selvisi ampumahaavastaan tarpeeksi kauan, jotta virasto pystyi ottamaan plasman. Weissinger vastustaa, että Phagan on hyödyllinen ja pitäisi pitää hengissä jatkotutkimuksia varten. Morgan kuitenkin katkaisee hänen elämänsä tueksi tarkoitetut laitteet, ettei Yhdysvaltain hallitus löytäisi PharComin toimitusjohtajaa infektoituna tuntemattomalla viruksella.
Lian pakenee lääkerakennuksesta ja kuulustelee Holmania saadakseen selville, että Morgan suunnittelee uutta operaatiota PharComin Expo-keskuksessa löytääkseen salauslevyn. Tappamalla Falkanin hän lähtee tukikohdasta helikopterilla ja yhdistää voimansa Gaben kanssa taistellakseen Archerin joukkoja vastaan. Gabe ampuu Archern tämän paon aikana ja palauttaa PharComin tiedot.
Päähenkilöt seuraavat Holmania Expo-keskukseen ja tappavat Morganin ennen kuin hän ehtii saada haluamansa levyn. PharComin tietojen purkamisen jälkeen Teresa huomaa, että osa tiedoista puuttuu. Toinen puoli on oltava venäläisen SVR-johtajan Uri Gregorovin hallussa, joka ilmestyi varastoille ennen kuin Gabe lähti. Koska Lian ja Uri tuntevat toisensa, he sopivat tapaavansa Moskovassa.
Aramov lietsoo ammuskelun heidän tavatessaan, ja Lian seuraa Gregorovia. Lian saa myöhemmin tietää, että kyseessä on valeasuinen henkilö, joka työskentelee Maralle ja yrittää löytää toisen puolikkaan tiedoista. Tämä henkilö myöntää, että oikea Gregorov on venäläisessä gulagissa, Aljir-vankilassa, jossa Lian oli aiemmin vangittuna. Gregorov paljasti juonen myydä virus Shi-Haolle, joten Aramov puuttui asiaan. Lian estää Gregorovin teloituksen, mutta on vähällä kuolla viruksen vuoksi ja romahtaa. Gabe vie hänet takaisin Yhdysvaltoihin, kun taas Gregorov lupaa hoitaa Shi-Haon.
Gabe ja Teresa palaavat Virginian turvataloon, jota valvoo freelance-patologi Lawrence Mujari. He vaihtoivat PharComin tiedot viraston kanssa saadakseen Lianille rokotteen. Johtaja Stevens pettää Gaben viraston New Yorkin laboratoriossa, mutta Logan pakenee ja pakottaa tohtori Weissingerin antamaan hänelle rokotteen. Gabe saa myös selville, että Chance selvisi Coloradon tehtävästä, mikä vapauttaa hänet.
NYPD:n SWAT-poliisit ja viraston henkilöstö jahtaavat Gabea, kun hän kiirehtii takaisin helikopterille. Matkan varrella Logan joutuu antamaan suojan SWAT-upseerille, jonka kumppani on haavoittunut. Hän tekee niin, mutta Stevens, joka myöhemmin ottaa poliisin panttivangiksi, käskee häntä pudottamaan aseensa. Vaikka Logan suostuu antautumaan, Stevens tappaa poliisin joka tapauksessa. Ennen kuin häntä ammutaan, Gabe heitetään räjähdyksen voimasta viemäriin, jonka Teresa räjäyttää. Gabe olettaa, että Chance kuoli laboratorioissa, koska Teresa sanoo hänen koskaan päässeen helikopterille. Lopulta Gabe ja Teresa ajavat Stevensin nurkkaan, ja Gabe ampuu hänet kylmäverisesti.
Gabe ja Teresa saapuvat helikopterille löytääkseen Chancen odottamassa läpäisemättömässä viraston myöntämässä vartalohaarniskassa. Hän työskenteli heille ja ampuu Teresaa. Gabe epäili tätä, koska virasto oli aina tiennyt, missä hän oli Coloradossa. Molemmat miehet taistelevat, ja Gabe tappaa miehen, johon hän luotti, hyökkäyshaulikolla, joka ajaa Chancen helikopterin lapoihin, katkaisten hänen päänsä.
Uutisraportti paljastaa, että viraston olemassaolo on nyt julkista, ja Yhdysvaltain ulkoministeri Vincent Hadden lupaa hallituksen tutkivan asiaa. Gabe parantaa Lianin ja merkkaa Teresan haudan. Hän, Lian ja Lawrence pitävät pienen muistotilaisuuden ja lupaavat jatkaa taistelua, kun sotilaat tarkkailevat heitä etäältä. Jälkitekstikohtauksessa Hadden ja Aramov nousevat helikopterista, ja Aramov sanoo, että hallinto kaatuu pian, mikä mahdollistaa Haddenin presidentiksi tulemisen. Vaikka joukko sotilaita pyytää lupaa tappaa Gabe ja hänen tiiminsä, Hadden peruuttaa operaation, kertoen Maralle, että hänellä on muita suunnitelmia Gaben varalle. Aramov nauraa, kun ruutu pimenee.