Yhteenveto
Red Faction II -pelissä sinun on puolustettava maatasi Alias-nimisenä räjähde-eksperttinä yhdessä viiden ryhmäsi jäsenen kanssa, joista jokaisella on omat erikoistaitonsa tuhoamisessa. Taistele läpi monipuolisten tasojen käyttäen ajoneuvoja, erikoisaseita ja valtavia räjähteitä kaataaksesi hallituksen.
Tarina
Marsissa vuonna 2080, viisi vuotta Red Factionin tapahtumien jälkeen, Maa-planeetan puolustusvoimat (EDF) ovat ottaneet haltuunsa Axel Capekin, Ultor Corporationin entisen päällikkötutkijan, kehittämän nanoteknologian. Tämän teknologian avulla EDF aloittaa Ultor Corporationin uudelleenjärjestelyn, keskittyen erityisesti parannettuihin supersotilaisiin ja sopivaan aseistukseen. Kuitenkin Capekin laboratorioissa tehty tutkimus on varastettu muilta militanttiryhmiltä ja erilaisilta terroristijärjestöiltä. Tämä on jatkunut vuosia, ja tutkimus on vaihtanut omistajaa rikollisessa alamaailmassa useita kertoja. Pelaaja astuu rooliinsa räjähdeasiantuntijana (koodinimi "Alias"), kun hän lähtee erikoisoperaatioon hankkimaan tutkimustietoa Kansainyhteisön tasavallalle.
Lopulta tutkimuksen haltuunsa ottavat Victor Sopot, dystooppisen sotilasvaltion Kansainyhteisön kansleri, ja hänen eliittijoukkonsa. Sopot käyttää nanoteknologiaa vahvistaakseen jo ennestään pelottavia sotavoimiaan ja onnistuu luomaan ensimmäiset supersotilaat tutkimusdatan avulla. Kuitenkin peläten uusien supersotilaidensa potentiaalia hän määrää heidät kaikki jahdattaviksi, teloitettaviksi ja korvattaviksi huomattavasti vähemmän älykkäillä, mutatoituneilla kauhuilla, joita kutsutaan "Prosessoiduiksi". Yhteisesti johtajansa pettämän pelaajan ryhmä pakenee maan alle ja liittoutuu Red Factionin kanssa palkkasotureina. Tässä vaiheessa Red Faction on järjestäytynyt vastarintaliike, joka vastustaa voimakkaasti Sopotin valtaa ja Kansainyhteisön vinoutuneita poliittisia periaatteita. Ryhmä lopulta jahtaa Sopotia ja eliminoi kaiken vastarinnan tieltään, kun Red Faction vie konfliktin kaduille yhteisessä kapinassa Kansainyhteisön valtaa vastaan. Pelin alkuvaiheessa Red Faction ja ryhmä tukevat toisiaan voittaessaan yhteisiä tavoitteita, kuten propagandainstallaatioiden sabotoimista. Kapina huipentuu Sopotin ansaan saamiseen hänen ohjussiilossaan ja teloitukseen.
Alias palaa väliaikaiseen tukikohtaan vain huomatakseen, että kaikki läsnä olevat Red Factionin vastarintajäsenet on brutaalisti teurastettu. Ryhmän johtaja Molov toteaa, että Sopotin kuoltua ja nanoteknologiatutkimuksen ollessa hänen hallussaan, Kansainyhteisön sotilasvoimat ovat vapaaehtoisesti vannoneet uskollisuuttaan hänelle. Hän julistaa Aliaksen ja ryhmätoveri Tangierin valtion vihollisiksi heidän tuestaan Red Factionille. Tangier auttaa Aliasta pakenemaan, ja pian turvaan päästyään Alias auttaa selviämään jääneitä Red Factionin jäseniä, jotka puolustautuvat viholliselta. Alias ja toinen ryhmän jäsen Echo tapaavat salaisessa paikassa keskustellakseen vaihtoehtoisesta strategiasta Molovin pysäyttämiseksi, ja Echo kuolee tulitaistelussa entisen ryhmän jäsenen Quillin kanssa. Tangier ottaa pian yhteyttä Aliakseen radiolla, ja he sopivat sulkevansa Molovin valtaaman nanoteknologialaboratorion, joka sijaitsee valtavassa Sopotin patsaassa. Laboratoriossa Alias voittaa Reptan, entisen ryhmän jäsenen, ja tuhoaa nanoteknologialaboratorion voimageneraattorit. Aliaksen räjähteet heikentävät patsaan perustaa ja tekevät siitä epävakaan. Alias kohtaa Reptan uudelleen ja voittaa hänet jälleen, saaden Reptan sisällä olevan energiakentän saavuttamaan kriittisen massan.
Alias ja Tangier tapaavat ja jahtaavat Molovia, joka kiipeää Sopotin patsasta nanotekniikkasolu mukanaan – Capekin tutkimuksen huipentuma – ja odottaa pelastusta Shrikelta, Molovin alaiselta. Shrike pettää komentajansa, ja Tangier onnistuu ottamaan nanotekniikkasolun takaisin Molovin hallusta. Molov, epätoivoisena vihollistensa eliminoimiseksi, nousee lähellä olevaan taistelupanssariin ja aloittaa raivoisan hyökkäyksen Aliasta vastaan. Käyttäen hyväkseen tuhoutuvaa ympäristöä Alias onnistuu väistämään Molovin tulituksen ja aloittaa vastahyökkäyksen, joka ei vain tapa Molovia, vaan myös tuhoaa patsaan. Patsaan romahtaessa Shrike pyyhkäisee lähelle ilmatuella hakeakseen Aliaksen. Tästä eteenpäin tarina päättyy neljällä mahdollisella tavalla riippuen pelaajan sankaripisteistä.